Günümüzde Atakum’a bağlı Çatmaoluk ile Kulacadağ mahalleleri arasında bulunan Akalan Kalesi kalıntıları Samsun ve çevresine ticari koloniler kurmak için gelenler hakkında bilgi veren Atakum’daki en eski kazı bölgesidir. 1071 yılında Malazgirt savaşından sonra bu bölgeye hakim olan ilk Türk Devleti Danişmentlilerdir. Rüknettin Süleyman Şah döneminde Samsun ve Atakum Selçuklu Devletinin eline geçmiştir. 1420 yılından itibaren Samsun ve Atakum çevresi Osmanlı yönetiminin eline geçti. Eyaleti Rum olarak bilinen Sivas Eyaletinin Amasya Sancağına bağlı kaza olarak ismi geçen Samsun ve çevresi devrin resmi belge kayıtlarında Canik olarak geçmektedir. Atakum bölgesi ise kazanın merkez kaza sayılan sınırları içinde gösterilmiştir. 1900 lü yılların başlarında Atakum’un ünlü bir tütün taciri ve üreticisi olan Matossian adlı bir Ermeni’ye ait olduğu bilinmektedir. Halk arasında “Matossian Bahçeleri”  olarak adlandırılan Atakum, daha sonra Matosyon adına dönüştürülmüştür.

        İlçenin  adı 1994 yılına kadar Matosyon olarak adlandırılırken, 1994 yılında ilk defa Atakum adı ile belediye olmuştur. 22 Mart 2008 tarih ve 26824 mükerrer sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe giren 5747 sayılı Büyükşehir Belediye Sınırları İçerisinde İlçe Kurulması ve Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun kapsamında Atakum, Atakent,  Kurupelit,  Altınkum,  Çatalçam ve Taflan beldelerinin birleşmesi ile “Atakum” adı ile , 01 Temmuz 2008 tarihinde ilçe kurulmuştur.